Сергей Малахиевич родился 19 декабря (7 декабря по старому стилю) 1900 года в городе Смоленске в семье служащего губернской земской управы.
Окончил Смоленскую частную гимназию П.Н. Евневича, а затем — Московский межевой институт, получив специальность инженера-землеустроителя. До войны работал в отделе по вопросам землеустройства и переселения Госплана РСФСР.
В 1941 году С.М. Яковлев был призван в ряды Красной Армии. Служил на Ленинградском и 1-м Прибалтийском фронтах. Был сотрудником газеты 90-й Краснознамённой ордена Суворова стрелковой дивизии «На страже Родины». Демобилизован в 1946 году.
Вплоть до выхода на пенсию в 1960 году работал во Всесоюзном научно-исследовательском институте торфяной промышленности.
С.М. Яковлев
Запись о рождении С.М. Яковлева в метрической книге Знаменской церкви города Смоленска.
ГАСО. Ф. 48. Оп. 4. Д. 238. Л. 382 об. — 383
Автобиография С.М. Яковлева. 1976 г.
ГАСО. Ф. Р-1063. Оп. 1. Д. 1. Л. 3 — 16.
Ещё с середины 1920-х годов Сергей Малахиевич увлёкся краеведением. Покинув родной город и поселившись в Ленинграде, он не прерывал связь со Смоленском. С.М. Яковлев активно сотрудничал с местными газетами, писал статьи и очерки, собрал большую коллекцию печатных вырезок, посвящённых Смоленскому краю и смолянам. Лишь выйдя на заслуженный отдых, он смог с полной отдачей посвятить себя краеведческой исследовательской работе. В 1960 году вышла его первая книга «Пионер русской авиации Глеб Васильевич Алехнович», а спустя два года – книга «Наши крылатые земляки». В 1968 году С.М. Яковлев опубликовал труд «Смоляне в искусстве». Перу Сергея Малахиевича принадлежат сотни статей и документальных очерков о родном крае. Он был инициатором создания в Смоленске литературного музея и многих экспозиций в краеведческом музее, лично собирал экспонаты и передавал их в музей. Постоянно проживая в Ленинграде, С.М. Яковлев регулярно приезжал в Смоленск, оказывал консультативную и практическую помощь смоленским краеведам. Он подготовил рукопись «Копилка старого смолянина», которая была опубликована лишь в 2009 году, спустя 28 лет после смерти её автора.
Сергей Малахиевич умер 25 мая 1981 года в Ленинграде.
С.М. Яковлев. Копилка старого смолянина. 2008 г.
С.М. Яковлев. Могила внучки Пушкина. 1975 г.
ГАСО. Ф. Р-1063. Оп. 1. Д. 54. Л. 132